ผู้ที่ใส่เครื่องมือจัดฟัน ต้องมีการปรับเปลี่ยนพฤติกรรมการแปรงฟันให้ถี่กว่าปกติ มีแปรงฟันแบบพิเศษ หรือแปรงซอกฟันซึ่งทันตแพทย์จะแนะนำวิธีการทำความสะอาดใต้ลวดจัดฟัน ซึ่งผู้ป่วยควรใส่ใจการแปรงทำความสะอาดแบร็กเกต (เครื่องมือจัดฟัน) จนครบทุกด้านของเครื่องมือ ร่วมกับการใช้ยาสีฟันที่มีฟลูออไรด์ เพื่อป้องกันการเกิดโรคฟันผุ
แนะนำให้ผู้ป่วยแปรงฟันและใช้ไหมขัดฟันทุกครั้งหลังรับประทานอาหาร และก่อนนอน ฟันบนปัดลงล่าง ฟันล่างปัดขึ้นบนรวมถึงต้องแปรงลิ้นและเพดานปากด้วย การแปรงฟันและใช้ไหมขัดฟันนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งของผู้ติดของผู้ติดเครื่องมือจัดฟันทุกคนเพราะเศษอาหารสามารถเข้าไปติดใต้แบร็กเก็ตได้ง่าย และเป็นสาเหตุสำคัญของโรคฟันผุ
วิธีการแปรงฟัน
ขั้นแรก บีบยาสีฟันเล็กน้อยลงบนแปรงสีฟัน ฟันบนให้ปัดลงและฟันล่างให้ปัดขึ้น จากนั้นถูไปมาตามแบร็กเก็ตที่ยึดฟันและลวดจัดฟันเพื่อกำจัดเศษอาหารที่ติดอยู่ออก
ขั้นที่ 2 วางแปรงตามแนวขอบเหงือก หมุนข้อมือ ขยับแปรงเป็นวงแคบ ๆ โดยแต่ละตำแหน่งใช้เวลาประมาณ 10 วินาที ทำให้ครบทุกซี่ ทุกตำแหน่ง
ขั้นที่3 ทำความสะอาดลวดและระหว่างซอกฟัน ซึ่งเป็นจุดที่มีความเสี่ยงสำคัญต่อการเกิดฟันผุมากที่สุด โดยใช้แปรงที่มีขนแปรงเป็นกระจุกสั้นๆ ที่เรียกว่า แปรงซอกฟัน (Single tufted brush) โดยการสอดเข้าไปใต้ลวดเพื่อทำความสะอาดระหว่าง แหวนหุ้มรอบฟัน(Bands)หรือแบร็กเก็ตกับเหงือก
การแปรงฟันจำเป็นต้องพิถีพิถัน โดยมีขั้นตอนดังนี้
ขั้นแรก ใส่ยาสีฟันที่แปรง ฟันบนให้ปัดลงและฟันล่างให้ปัดขึ้น จากนั้นถูไปมาตามเหล็กที่ยึดฟันและลวดจัดฟันเพื่อเอาเศษอาหารที่ติดอยู่ออก
ขั้นที่ 2 ถูไปมาเป็นวงสั้นๆ บริเวณขอบเหงือกใช้เวลาประมาณ10 วินาที แต่ละตำแหน่งแปรงช้า ๆ ให้ทำทุกซี่ทุกตำแหน่ง
ขั้นที่ 3 ทำความสะอาดลวดและระหว่างซอกฟัน โดยใช้แปรงที่มีลักษณะเหมือนแปรงล้างขวดที่เรียกว่า แปรงซอกฟัน (Single tufted brush) โดยการสอดเข้าไปใต้ลวดเพื่อทำความสะอาดบริเวณ Bondsหรือ Brackets และเหงือก
การใช้ไหมขัดฟัน ใช้ไหมขัดฟันเพื่อทำความระหว่างลวดกับแบร็กเก็ตด้วยความระมัดระวัง อาจใช้ Floss threader หรือ Superfloss เพื่อช่วยในการใช้ไหมขัดฟันได้ง่ายขึ้น จากนั้นจึงใช้ไหมขัดฟันทำความสะอาดรอบแบร็กเก็ต บริเวณเหงือกและฟันแต่ละซี่ (Single tufted brush)